El clorhidrato de guanidina es un agente caotrópico fuerte que se utiliza en bioquímica y biología molecular para la desnaturalización y posterior replegamiento de proteínas. Además, este desnaturalizante fuerte es capaz de solubilizar proteínas insolubles o desnaturalizadas, como los cuerpos de inclusión. Este proceso se utiliza como primer paso en la restauración de la forma activa de proteínas y enzimas.Además, para este proceso de replegamiento también pueden ser necesarios la urea y el ditiotreitol (DTT). El clorhidrato de guanidina se utiliza para la aislación de ARN con el fin de disociar el nucleoproteína en sus componentes ácido nucleico y proteína.Este compuesto también es un inhibidor de la ribonucleasa y soluciones altamente concentradas (6 – 8 M) se utilizan para desnaturalizar proteínas globulares nativas. Se cree que el clorhidrato de guanidina interrumpe los enlaces de hidrógeno que mantienen la estructura única de las proteínas. Sin embargo, hay evidencia que sugiere que también puede interrumpir las interacciones hidrofóbicas al promover la solubilidad de los residuos hidrofóbicos en soluciones acuosas.estras de tejido animal de manera rápida y rentable.